---
title: "Estado del COVID-19 en Costa Rica"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
    orientation: rows
    source_code: embed
    vertical_layout: fill
#css: Theme1.css
    theme: lumen
---
```{r setup, include=FALSE}
#-------------------- Paquetes --------------------
library(knitr)
library(flexdashboard)
library(plotly)
library(dygraphs)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(sf)
library(leaflet)

#-------------------- Colores ---------------------

color_positivos <- 'steelblue'
color_activos <- 'firebrick'
color_recuperados <- 'darkolivegreen'
color_fallecidos <- 'dimgray'
color_nuevos_positivos <- 'steelblue'
color_hospitalizados <- 'tan'
color_salon <- 'tan'
color_uci <- 'tan'

#--------------------- Íconos ---------------------
icono_positivos <- 'fa fa-user-plus'
icono_activos <- 'fas fa-diagnoses'
#fa fa-user-circle-o
icono_recuperados <- 'fa fa-user'
icono_fallecidos <- 'fa fa-user-times'
icono_mujeres <- 'ion-woman'
icono_hombres <- 'ion-man'
icono_menor <- 'ion-ios-people'
icono_adulto <- 'ion-ios-people'
icono_adultom <- 'ion-ios-people'
icono_nuevos_positivos <- 'fas fa-user-md'
icono_hospitalizados <- 'fa fa-hospital-o'
icono_salon <- 'fa fa-hospital-o'
icono_uci <- 'ion-ios-pulse'

#--------------- Otros parámetros -----------------

# Separador para lectura de datos CSV
caracter_separador <- ','

#--------------- Archivos de datos ----------------

archivo_general_pais <- 'https://raw.githubusercontent.com/geoprocesamiento-2020i/datos/master/covid19/ms/07_02_CSV_GENERAL.csv'

archivo_positivos_cantones <- 'https://raw.githubusercontent.com/geoprocesamiento-2020i/datos/master/covid19/ms/07_02_CSV_POSITIVOS.csv'
archivo_activos_cantones <- 'https://raw.githubusercontent.com/geoprocesamiento-2020i/datos/master/covid19/ms/07_02_CSV_ACTIVOS.csv'
archivo_recuperados_cantones <- 'https://raw.githubusercontent.com/geoprocesamiento-2020i/datos/master/covid19/ms/07_02_CSV_RECUP.csv'
archivo_fallecidos_cantones <- 'https://raw.githubusercontent.com/geoprocesamiento-2020i/datos/master/covid19/ms/07_02_CSV_FALLECIDOS.csv'

#---------------------- Datos generales ---------------------
# Data frame de datos generales por país
df_general_pais <- read.csv(archivo_general_pais, sep = caracter_separador)
df_general_pais$FECHA <- as.Date(df_general_pais$FECHA, "%d/%m/%Y")

# Data frame de datos generales por país en la última fecha
df_general_pais_ultima_fecha <- 
  df_general_pais %>%
  filter(FECHA == max(FECHA, na.rm = TRUE))

# Objeto sf de cantones
url_base_wfs_ign_5mil <- "http://geos.snitcr.go.cr/be/IGN_5/wfs?"
solicitud_wfs_ign_5mil_cantones <- "request=GetFeature&service=WFS&version=2.0.0&typeName=IGN_5:limitecantonal_5k&outputFormat=application/json"
sf_cantones <-
  st_read(paste0(url_base_wfs_ign_5mil, solicitud_wfs_ign_5mil_cantones)) %>%
  st_simplify(dTolerance = 1000) %>%
  st_transform(4326)

#---------------------- Datos positivos ---------------------
# Data frame de casos positivos por cantón
df_positivos_cantones_ancho <- read.csv(archivo_positivos_cantones, sep = caracter_separador)
df_positivos_cantones <-
  df_positivos_cantones_ancho %>%
  pivot_longer(cols = c(-cod_provin, -provincia, -cod_canton, -canton), names_to = "fecha", values_to = "positivos")
df_positivos_cantones$fecha <- as.Date(df_positivos_cantones$fecha, "X%d.%m.%Y")

# Data frame de casos positivos por cantón en la última fecha
df_positivos_cantones_ultima_fecha <- 
  df_positivos_cantones %>%
  filter(fecha == max(fecha, na.rm = TRUE)) %>%
  select(cod_canton, positivos)

# Objeto sf de casos positivos en cantones en la última fecha
sf_positivos_cantones_ultima_fecha <-
  left_join(sf_cantones, df_positivos_cantones_ultima_fecha, by = c('cod_canton')) %>%
  arrange(desc(positivos))


#---------------------- Datos activos ---------------------
# Data frame de casos activos por cantón
df_activos_cantones_ancho <- read.csv(archivo_activos_cantones, sep = caracter_separador)
df_activos_cantones <- df_activos_cantones_ancho %>%
                       pivot_longer(cols = c(-cod_provin, -provincia, -cod_canton, -canton), 
                                    names_to = "fecha", values_to = "activos")
df_activos_cantones$fecha <- as.Date(df_activos_cantones$fecha, "X%d.%m.%Y")

# Data frame de casos activos por cantón en la última fecha
df_activos_cantones_ultima_fecha <- 
  df_activos_cantones %>%
  filter(fecha == max(fecha, na.rm = TRUE)) %>%
  select(cod_canton, activos)

# Objeto sf de casos activos en cantones en la última fecha
sf_activos_cantones_ultima_fecha <-
  left_join(sf_cantones, df_activos_cantones_ultima_fecha, by = c('cod_canton')) %>%
  arrange(desc(activos))

#---------------------- Datos recuperados -----------------
# Data frame de casos recuperados por cantón
df_recuperados_cantones_ancho <- read.csv(archivo_recuperados_cantones, sep = caracter_separador)
df_recuperados_cantones <- df_recuperados_cantones_ancho %>%
  pivot_longer(cols = c(-cod_provin, -provincia, -cod_canton, -canton), 
               names_to = "fecha", values_to = "recuperados")
df_recuperados_cantones$fecha <- as.Date(df_recuperados_cantones$fecha, "X%d.%m.%Y")

# Data frame de casos recuperados por cantón en la última fecha
df_recuperados_cantones_ultima_fecha <- 
  df_recuperados_cantones %>%
  filter(fecha == max(fecha, na.rm = TRUE)) %>%
  select(cod_canton, recuperados)

# Objeto sf de casos recuperados en cantones en la última fecha
sf_recuperados_cantones_ultima_fecha <-
  left_join(sf_cantones, df_recuperados_cantones_ultima_fecha, by = c('cod_canton')) %>%
  arrange(desc(recuperados))
#---------------------- Datos fallecidos ------------------
# Data frame de casos fallecidos por cantón
df_fallecidos_cantones_ancho <- read.csv(archivo_fallecidos_cantones, sep = caracter_separador)
df_fallecidos_cantones <- df_fallecidos_cantones_ancho %>%
  pivot_longer(cols = c(-cod_provin, -provincia, -cod_canton, -canton), 
               names_to = "fecha", values_to = "fallecidos")
df_fallecidos_cantones$fecha <- as.Date(df_fallecidos_cantones$fecha, "X%d.%m.%Y")

# Data frame de casos fallecidos por cantón en la última fecha
df_fallecidos_cantones_ultima_fecha <- 
  df_fallecidos_cantones %>%
  filter(fecha == max(fecha, na.rm = TRUE)) %>%
  select(cod_canton, fallecidos)

# Objeto sf de casos fallecidos en cantones en la última fecha
sf_fallecidos_cantones_ultima_fecha <-
  left_join(sf_cantones, df_fallecidos_cantones_ultima_fecha, by = c('cod_canton')) %>%
  arrange(desc(fallecidos))
#---------------------- Datos distritos -------------------

```
Resumen
=======================================================================
Row {data-height=1}
-----------------------------------------------------------------------
### **Última actualización: `r  df_general_pais_ultima_fecha$FECHA`**

Row
-----------------------------------------------------------------------
### Casos positivos {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$positivos, big.mark = ","), "", sep = " ", ("(+270)")),
         caption = "Total de casos positivos", 
         icon = icono_positivos, 
         color = color_positivos)
```

### Casos activos {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$activos, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$activos / df_general_pais_ultima_fecha$positivos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de casos activos",
         icon = icono_activos, 
         color = color_activos
)
```

### Casos recuperados {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$RECUPERADOS, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$RECUPERADOS / df_general_pais_ultima_fecha$positivos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de casos recuperados",
         icon = icono_recuperados, 
         color = color_recuperados
)
```

### Casos fallecidos {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$fallecidos, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$fallecidos / df_general_pais_ultima_fecha$positivos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de casos fallecidos",
         icon = icono_fallecidos, 
         color = color_fallecidos
)
```

Row
-----------------------------------------------------------------------
### Hospitalizados {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$hospital, big.mark = ","), "", sep = " ", ("(+10)")),
         caption = "Total de hospitalizados", 
         icon = icono_hospitalizados,
         color = color_hospitalizados)
```

### En salón {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$salon, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$salon / df_general_pais_ultima_fecha$hospital, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Hospitalizados en salón",
         icon = icono_salon, 
         color = color_salon
)
```

### En UCI {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$UCI, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$UCI / df_general_pais_ultima_fecha$hospital, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Hospitalizados en UCI",
         icon = icono_uci, 
         color = color_uci
)
```

Row {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Gráfico de variación de las cantidades de casos en el tiempo
```{r}
plot_ly(data = df_general_pais, x = ~ FECHA, y = ~ positivos,  name = 'Positivos', type = 'scatter',
              mode = 'lines',line = list(color = color_positivos)) %>%
  add_trace(y = ~ activos, name = 'Activos', mode = 'lines', line = list(color = color_activos)) %>%
  add_trace(y = ~ RECUPERADOS, name = 'Recuperados', mode = 'lines', line = list(color = color_recuperados)) %>%
  add_trace(y = ~ fallecidos, name = 'Fallecidos', mode = 'lines', line = list(color = color_fallecidos)) %>%  
  layout(title = "", yaxis = list(title = "Cantidad de casos"), xaxis = list(title = "Fecha"), 
        legend = list(x = 0.1, y = 0.9), hovermode = "compare") %>%
  config(locale = "es")
  
```

### Tabla de cantidades de casos en cantones
```{r}
st_drop_geometry(sf_positivos_cantones_ultima_fecha) %>% 
  select(Provincia = provincia, Canton = canton, Positivos = positivos) %>%
  DT::datatable(rownames = FALSE,
                options = list(searchHighlight = TRUE, 
                               language = list(url = '//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json')
                               )
  )
```

Casos positivos
=======================================================================
Row {data-height=1}
-----------------------------------------------------------------------
### **Última actualización: `r  df_general_pais_ultima_fecha$FECHA`**

Row
-----------------------------------------------------------------------
### Casos positivos {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$positivos, big.mark = ","), "", sep = " ",
         ("(+270)")),
         caption = "Total de casos positivos", 
         icon = icono_positivos, 
         color = color_positivos)
```

### Casos mujeres {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$muj_posi, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$muj_posi / df_general_pais_ultima_fecha$positivos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de mujeres",
         icon = icono_mujeres, 
         color = color_positivos
)
```

### Casos hombres {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$hom_posi, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$hom_posi / df_general_pais_ultima_fecha$positivos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de hombres",
         icon = icono_hombres, 
         color = color_positivos
)
```

Row
-----------------------------------------------------------------------
### Casos menores de edad {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$menor_posi, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$menor_posi / df_general_pais_ultima_fecha$positivos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de menores de edad",
         icon = icono_menor, 
         color = color_positivos)
```

### Casos adultos {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$adul_posi, big.mark = ","), "(",                          round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$adul_posi / df_general_pais_ultima_fecha$positivos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de adultos", 
         icon = icono_adulto,
         color = color_positivos)
```

### Casos adultos mayores {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$am_posi, big.mark = ","), "(",                          round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$am_posi / df_general_pais_ultima_fecha$positivos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de adultos mayores", 
         icon = icono_adultom,
         color = color_positivos)
```

Row {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Mapa de casos positivos por cantones
```{r}
paleta_azul <- colorBin(palette = "Blues", domain = sf_positivos_cantones_ultima_fecha$positivos, 
                        bins = 10)
m1 <- leaflet(sf_positivos_cantones_ultima_fecha) %>% 
  fitBounds(lng1 = -86, lng2 = -82, lat1 = 8, lat2 = 11) %>%
  addProviderTiles(providers$Esri.WorldTopoMap, group = "Esri World TopoMap") %>%
  addProviderTiles(providers$CartoDB.DarkMatter, group = "CartoDB Dark") %>%
  addPolygons(fillColor = ~paleta_azul(positivos), stroke=T, fillOpacity = 1,
              color="black", weight=0.2, opacity= 0.5, group = "Cantones",
              popup = paste("Provincia: ", sf_positivos_cantones_ultima_fecha$provincia, "
",
                            "Cantón: ", sf_positivos_cantones_ultima_fecha$canton, "
",
                            "Positivos: ", sf_positivos_cantones_ultima_fecha$positivos)) %>%
  addLegend("bottomright", pal = paleta_azul, values = ~positivos, title = "Casos positivos", 
            opacity = 1)%>%  
  addLayersControl(baseGroups = c("Esri World TopoMap", "CartoDB Dark"), overlayGroups = c("Cantones"),
                   options = layersControlOptions(collapsed = TRUE))%>%  
  addMiniMap(toggleDisplay = TRUE, tiles = providers$Esri.WorldImagery, position = "bottomleft")
m1
```

### Gráfico de cantones con mayor cantidad de casos positivos
```{r}
st_drop_geometry(sf_positivos_cantones_ultima_fecha) %>%
mutate(canton = factor(canton, levels = canton)) %>%
top_n(n = 10, wt = positivos) %>%  
plot_ly(x = ~ canton, y = ~ positivos, type = "bar", text = ~ positivos, textposition = 'auto',
        marker = list(color = color_positivos)) %>%
layout(yaxis = list(title = "Cantidad de casos positivos"), xaxis = list(title = "Cantones"),
       margin = list(l = 10, r = 10, b = 10, t = 10, pad = 2))%>%
config(locale = "es")
```

Casos activos
=======================================================================
Row {data-height=1}
-----------------------------------------------------------------------
### **Última actualización: `r  df_general_pais_ultima_fecha$FECHA`**

Row
-----------------------------------------------------------------------
### Casos activos {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$activos, big.mark = ","), "", sep = " ",
         ("(+196)")),
         caption = "Total de casos activos", 
         icon = icono_activos, 
         color = color_activos)
```

### Casos mujeres {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$muj_acti, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$muj_acti / df_general_pais_ultima_fecha$activos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de mujeres",
         icon = icono_mujeres, 
         color = color_activos
)
```

### Casos hombres {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$hom_acti, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$hom_acti / df_general_pais_ultima_fecha$activos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de hombres",
         icon = icono_hombres, 
         color = color_activos
)
```

Row
-----------------------------------------------------------------------
### Casos menores de edad {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$menor_acti, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$menor_acti / df_general_pais_ultima_fecha$activos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de menores de edad",
         icon = icono_menor, 
         color = color_activos
)
```

### Casos adultos {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$adul_acti, big.mark = ","), "(",                          round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$adul_acti / df_general_pais_ultima_fecha$activos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de Adultos", 
         icon = icono_adulto,
         color = color_activos
)
```

### Casos adultos mayores
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$am_acti, big.mark = ","), "(",                          round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$am_acti / df_general_pais_ultima_fecha$activos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de Adultos Mayores", 
         icon = icono_adultom,
         color = color_activos
)
```

Row {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Mapa de casos activos por cantones
```{r}
paleta_roja <- colorBin(palette = "Reds", 
                        domain = sf_activos_cantones_ultima_fecha$activos, bins = 10)
m2 <- leaflet(sf_activos_cantones_ultima_fecha) %>% 
  fitBounds(lng1 = -86, lng2 = -82, lat1 = 8, lat2 = 11) %>%
  addProviderTiles(providers$Esri.WorldTopoMap, group = "Esri World TopoMap") %>%
  addProviderTiles(providers$CartoDB.DarkMatter, group = "CartoDB Dark") %>%
  addPolygons(fillColor = ~paleta_roja (activos), stroke=T, fillOpacity = 1,
              color="black", weight=0.2, opacity= 0.5,
              group = "Cantones",
              popup = paste("Provincia: ", sf_activos_cantones_ultima_fecha$provincia, "
",
                            "Cantón: ", sf_activos_cantones_ultima_fecha$canton, "
",
                            "Activos: ", sf_activos_cantones_ultima_fecha$activos)) %>%
  addLegend("bottomright", pal = paleta_roja, values = ~activos,
            title = "Casos activos",opacity = 1) %>%  
  addLayersControl(baseGroups = c("Esri World TopoMap", "CartoDB Dark"), overlayGroups = c("Cantones"),
                   options = layersControlOptions(collapsed = TRUE))%>% 
  addMiniMap(toggleDisplay = TRUE, tiles = providers$Esri.WorldImagery, position = "bottomleft")
m2
```

### Gráfico de cantones con mayor cantidad de casos activos
```{r}
st_drop_geometry(sf_activos_cantones_ultima_fecha) %>%
mutate(canton = factor(canton, levels = canton)) %>%
top_n(n = 10, wt = activos) %>%  
plot_ly(x = ~ canton, y = ~ activos, type = "bar", text = ~ activos, textposition = 'auto',
        marker = list(color = color_activos)) %>%
layout(yaxis = list(title = "Cantidad de casos activos"), xaxis = list(title = "Cantones"),
       margin = list(l = 10, r = 10, b = 10, t = 10, pad = 2))%>%
config(locale = "es")
```

Casos recuperados
=======================================================================
Row {data-height=1}
-----------------------------------------------------------------------
### **Última actualización: `r  df_general_pais_ultima_fecha$FECHA`**

Row
-----------------------------------------------------------------------
### Casos recuperados {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$RECUPERADOS, big.mark = ","), "", sep = " ",
         ("(+73)")),
         caption = "Total de casos recuperados", 
         icon = icono_recuperados, 
         color = color_recuperados
)
```

### Casos mujeres {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$MUJ_RECUP, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$MUJ_RECUP / df_general_pais_ultima_fecha$RECUPERADOS, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de mujeres",
         icon = icono_mujeres, 
         color = color_recuperados
)
```

### Casos hombres {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$HOM_RECUP, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$HOM_RECUP / df_general_pais_ultima_fecha$RECUPERADOS, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de hombres",
         icon = icono_hombres, 
         color = color_recuperados
)
```

Row
-----------------------------------------------------------------------
### Casos menores de edad {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$MENOR_RECUP, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$MENOR_RECUP / df_general_pais_ultima_fecha$RECUPERADOS, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de menores de edad",
         icon = icono_menor, 
         color = color_recuperados
)
```

### Casos adultos {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$ADUL_RECUP, big.mark = ","), "(",                          round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$ADUL_RECUP / df_general_pais_ultima_fecha$RECUPERADOS, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de Adultos", 
         icon = icono_adulto,
         color = color_recuperados
)
```

### Casos adultos mayores
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$AM_RECUP, big.mark = ","), "(",                          round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$AM_RECUP / df_general_pais_ultima_fecha$RECUPERADOS, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de Adultos Mayores", 
         icon = icono_adultom,
         color = color_recuperados
)
```

Row {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Mapa de casos recuperados por cantones
```{r}
paleta_verde <- colorBin(palette = "Greens", 
                        domain = sf_recuperados_cantones_ultima_fecha$recuperados, bins = 10)
m3 <- leaflet(sf_recuperados_cantones_ultima_fecha) %>% 
  fitBounds(lng1 = -86, lng2 = -82, lat1 = 8, lat2 = 11) %>%
  addProviderTiles(providers$Esri.WorldTopoMap, group = "Esri World TopoMap") %>%
  addProviderTiles(providers$CartoDB.DarkMatter, group = "CartoDB Dark") %>%
  addPolygons(fillColor = ~paleta_verde (recuperados), stroke=T, fillOpacity = 1,
              color="black", weight=0.2, opacity= 0.5,
              group = "Cantones",
              popup = paste("Provincia: ", sf_recuperados_cantones_ultima_fecha$provincia, "
",
                            "Cantón: ", sf_recuperados_cantones_ultima_fecha$canton, "
",
                            "Recuperados: ", sf_recuperados_cantones_ultima_fecha$recuperados)) %>%
  addLegend("bottomright", pal = paleta_verde, values = ~recuperados,
            title = "Casos recuperados",opacity = 1) %>%  
  addLayersControl(baseGroups = c("Esri World TopoMap", "CartoDB Dark"), overlayGroups = c("Cantones"),
                   options = layersControlOptions(collapsed = TRUE))%>% 
  addMiniMap(toggleDisplay = TRUE, tiles = providers$Esri.WorldImagery, position = "bottomleft")
m3
```

### Gráfico de cantones con mayor cantidad de casos recuperdaos
```{r}
st_drop_geometry(sf_recuperados_cantones_ultima_fecha) %>%
mutate(canton = factor(canton, levels = canton)) %>%
top_n(n = 10, wt = recuperados) %>%  
plot_ly(x = ~ canton, y = ~ recuperados, type = "bar", text = ~ recuperados, textposition = 'auto',
        marker = list(color = color_recuperados)) %>%
layout(yaxis = list(title = "Cantidad de casos recuperados"), xaxis = list(title = "Cantones"),
       margin = list(l = 10, r = 10, b = 10, t = 10, pad = 2)) %>%
config(locale = "es")
```

Casos fallecidos
=======================================================================
Row {data-height=1}
-----------------------------------------------------------------------
### **Última actualización: `r  df_general_pais_ultima_fecha$FECHA`**

Row
-----------------------------------------------------------------------
### Casos fallecidos {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$fallecidos, big.mark = ","), "", sep = " ", ("(+1)")),
         caption = "Total de casos fallecidos", 
         icon = icono_fallecidos, 
         color = color_fallecidos
)
```

### Casos mujeres {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$muj_fall, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$muj_fall / df_general_pais_ultima_fecha$fallecidos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de mujeres",
         icon = icono_mujeres, 
         color = color_fallecidos
)
```

### Casos hombres {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$hom_fall, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$hom_fall / df_general_pais_ultima_fecha$fallecidos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de hombres",
         icon = icono_hombres, 
         color = color_fallecidos
)
```

Row
-----------------------------------------------------------------------
### Casos menores de edad {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$menor_fall, big.mark = ","), " (",
                       round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$menor_fall / df_general_pais_ultima_fecha$fallecidos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de menores de edad",
         icon = icono_menor, 
         color = color_fallecidos
)
```

### Casos adultos {.value-box}
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$adul_fall, big.mark = ","), "(",                          round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$adul_fall/ df_general_pais_ultima_fecha$fallecidos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de Adultos", 
         icon = icono_adulto,
         color = color_fallecidos
)
```

### Casos adultos mayores
```{r}
valueBox(value = paste(format(df_general_pais_ultima_fecha$am_fall, big.mark = ","), "(",                          round(100 * df_general_pais_ultima_fecha$am_fall/ df_general_pais_ultima_fecha$fallecidos, 1), 
                       "%)", sep = ""), 
         caption = "Total de Adultos Mayores", 
         icon = icono_adultom,
         color = color_fallecidos
)
```

Row {data-width=400}
-----------------------------------------------------------------------
### Mapa de casos fallecidos por cantones
```{r}
paleta_gris <- colorBin(palette = "Greys", 
                        domain = sf_fallecidos_cantones_ultima_fecha$fallecidos, bins = 10)
m4 <- leaflet(sf_fallecidos_cantones_ultima_fecha) %>% 
  fitBounds(lng1 = -86, lng2 = -82, lat1 = 8, lat2 = 11) %>%
  addProviderTiles(providers$Esri.WorldTopoMap, group = "Esri World TopoMap") %>%
  addProviderTiles(providers$CartoDB.DarkMatter, group = "CartoDB Dark") %>%
  addPolygons(fillColor = ~paleta_gris (fallecidos), stroke=T, fillOpacity = 1,
              color="black", weight=0.2, opacity= 0.5,
              group = "Cantones",
              popup = paste("Provincia: ", sf_fallecidos_cantones_ultima_fecha$provincia, "
",
                            "Cantón: ", sf_fallecidos_cantones_ultima_fecha$canton, "
",
                            "Fallecidos: ", sf_fallecidos_cantones_ultima_fecha$fallecidos)) %>%
  addLegend("bottomright", pal = paleta_gris, values = ~fallecidos,
            title = "Casos fallecidos",opacity = 1) %>%  
  addLayersControl(baseGroups = c("Esri World TopoMap", "CartoDB Dark"), overlayGroups = c("Cantones"),
                   options = layersControlOptions(collapsed = TRUE))%>% 
  addMiniMap(toggleDisplay = TRUE, tiles = providers$Esri.WorldImagery, position = "bottomleft")
m4
```

### Gráfico de cantones con mayor cantidad de casos fellecidos
```{r}
st_drop_geometry(sf_fallecidos_cantones_ultima_fecha) %>%
mutate(canton = factor(canton, levels = canton)) %>%
top_n(n = 10, wt = fallecidos) %>%  
plot_ly(x = ~ canton, y = ~ fallecidos, type = "bar", text = ~ fallecidos, textposition = 'auto',
        marker = list(color = color_fallecidos)) %>%
layout(yaxis = list(title = "Cantidad de casos fallecidos"), xaxis = list(title = "Cantones"),
       margin = list(l = 10, r = 10, b = 10, t = 10, pad = 2)) %>%
config(locale = "es")
```